Новониколаевская средняя школа создана в 1972 году.
15 мая 1996 года Новониколаевская средняя школа переименована в Новониколаевскую общеобразовательную школу I-III ступеней (Приказ по отделу образования от 15.05.1996 г. № 80 «О переименовании общеобразовательных учебных заведений Ленинского района»).
01 марта 2005 года Новониколаевская общеобразовательная школа I-III ступеней переименована в Новониколаевскую общеобразовательную школу I-III ступеней Новониколаевского сельского совета Ленинского района Автономной Республики Крым (Приказ по отделу образования от 01.03.2005 г. № 90 «О переименовании общеобразовательных учебных заведений »).
29.07.2010 г. Новониколаевская общеобразовательная школа I-III ступеней Новониколаевского сельского совета Ленинского района Автономной Республики Крым переименована в Новониколаевскую общеобразовательную школу I-III ступеней Ленинского районного совета Автономной Республики Крым (приказ отдела образования от 18.08.2010г. №230, решение 38 сессии 5 созыва Ленинского районного совета от 29.07.2010г.)
04.01.2015 г. Новониколаевская общеобразовательная школа 1-111 ступеней Ленинского районного совета Автономной Республики Крым переименована в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Новониколаевская средняя общеобразовательная школа" Ленинского района Республики Крым (Постановление Администрации Ленинского района Республики Крым от 22 декабря 2014 г. №36).